Nos municípios de Salvador (BA), Vitória da Conquista (BA), Fortaleza (CE), São Luís (MA), Campina Grande (PB), João Pessoa (PB), Teresina (PI), Natal (RN), Macapá (AP) e Belém (PA), as seções eleitorais encerram seu funcionamento uma hora após as 17 horas de Brasília. Em Campo Grande (MS) e Cuiabá (MT), apesar da vigência do horário de verão, a votação também se encerrará uma hora após o horário de Brasília, informou o TSE. Em Rio Branco (AC), Manaus (AM) e Porto Velho (RO), em razão da não participação no horário de verão e ainda da diferença de fuso horário em relação à hora oficial, a votação será encerrada duas horas após o horário de Brasília.

Ao todo, 31.725.967 eleitores estão aptos a votar no segundo turno das eleições municipais de 2012, que ocorre em 17 estados. No primeiro turno, a quantidade de pessoas aptas ao voto era 140.646.446. A contagem de votos nas urnas eletrônicas será feita pelos tribunais regionais eleitorais responsáveis pelas áreas. O TSE, por sua vez, centralizará a divulgação dos resultados. No Distrito Federal, onde não há eleição municipal, e nos estados onde não há o segundo turno, os tribunais regionais terão postos de justificativa de ausência de voto à disposição dos eleitores.

O leitor biométrico, tecnologia que permite a identificação do eleitor por meio das impressões digitais, estará disponível em três municípios no segundo turno: Curitiba (PR), Porto Velho (RO), e Jundiaí (SP). Ao todo, 1,7 milhão de eleitores serão identificados por meio da biometria, que garante mais segurança e impede fraudes.

Como no segundo turno o voto é somente para prefeito e não mais para vereador, o TSE informou que o tempo médio do eleitor na cabine deve ser menor do que no primeiro turno, quando ficou 40 segundos em média. No entanto, ainda não há estimativa a respeito desse número.

As regras para a votação são as mesmas do primeiro turno. A fim de identificar-se em sua seção, o eleitor deve levar o título e um documento com foto. Qualquer manifestação quanto à preferência política deve ser individual e silenciosa. É vedada a aglomeração de pessoas com bandeiras, broches, adesivos ou qualquer coisa que caracterize manifestação coletiva. Também é proibido fazer propaganda boca de urna.

Em Vitória da Conquista disputam o segundo turno os candidatos Guilherme Menezes e Herzem Gusmão.